Izložba Bosna i Hercegovina u prethistorijsko doba smještena je u prizemlju i na galeriji istočnog krila zgrade Odjeljenja za arheologiju. Pomno odabranih 3000 arheoloških nalaza kroz posebno naglašene tematske cjeline pružaju hronološki uvid u razvoj i slijed kultura prethistorijskih razdoblja.
Izložba „Fosili Sarajeva i okoline“, postavljena na Odjeljenju za prirodne nauke, pruža posjetiocima priliku da se upoznaju sa geološkom prošlošću i razvojem života na Zemlji, s posebnim fokusom na fosile Sarajeva i okoline.
Kostur patkaste ulješure, preparati velike bijele psine, sredozemne medvjedice, kornjače želve i vidre neki su od najatraktivnijih eksponata u novoj stalnoj izložbi "Svijet vodenih i močvarnih staništa".
Izložba Šume Bosne i Hercegovine je stalna postavka na Odjeljenju za prirodne nauke, osmišljena po principima fitocenologije – nauke o biljnim zajednicama. Ona prikazuje brojnost, raznolikost i složenost šumskih zajednica na prostoru Bosne i Hercegovine.
Stalna izložba Diorame s maketama, postavljena u prizemlju Odjeljenja za etnologiju, predstavlja ambijente u kojima se odvijao život i rad na prostoru Bosne i Hercegovine u prošlosti. Svaka diorama rekonstruira jednu vrstu građevine ili lokalitet.
Život i kultura gradskog stanovništva Bosne i Hercegovine u 19. stoljeću
Stalna postavka na Odjeljenju za etnologiju donosi uvid u stambenu kulturu i uopće kulturu življenja bogatog gradskog stanovništva. Posjetitelji mogu vidjeti scene iz života, postavljene u šest autentičnih soba koje potječu s kraja 18. i početka 19. stoljeća.
Stalno postavljena na Odjeljenju za arheologiju, izložba Bosna i Hercegovina u srednjem vijeku smještena je u tri sale. U predvorju su izložene historijske karte postanka i promjena granica srednjovjekovne bosanske države od polovine 10. stoljeća do njenog nestanka 1463.
Stalno postavljena na Odjeljenju za arheologiju, izložba Bosna i Hercegovina u antičko doba okvirno je koncipirana prema dva razdoblja: rano Rimsko carstvo (principat) od kraja Batonovih ustanaka 9. godine nove ere do 3. stoljeća, te kasno Rimsko carstvo (dominat) od 4. do 6. stoljeća.
Od oko 4.500 vrsta sisara, njih 200 registrirano je u Evropi. Stalna izložba na Odjeljenju za prirodne nauke pokazuje bogatstvo i raznovrsnost ovog segmenta faune na prostorima Bosne i Hercegovine.
U Bosni i Hercegovini, tokom 19. i 20. stoljeća, zabilježeno je prisustvo 326 vrsta iz razreda ptica (Aves). Od toga, 226 vrsta zabilježeno je na gniježđenju, dok su preostale registrirane u prolazu ili tokom zimovanja. Nažalost, prema podacima s kraja 20.
Stalna postavka na Odjeljenju za prirodne nauke pruža uvid u životinjski svijet koji odlikuje pećine kao tip staništa sa specifičnim ekološkim uvjetima: povećana vlaga, tama, male temperaturne razlike u toku godine i dr.
Stalna postavka na Odjeljenju za prirodne nauke, izložba pruža uvid u životinjski svijet karakterističan za potoke i rijeke bosanskohercegovačkih planina kao specifičan ekosistem.
Carstvo životinja podijeljeno je, na osnovu posjedovanja kičme, u dvije grupe: beskičmenjake (Avertebrata) i kičmenjake (Vertebrata). Beskičmenjaci čine oko 95% svih do sada otkrivenih životinjskih vrsta.
Botanički vrt osnovan je 1912/13. godine pod rukovodstvom poznatog botaničara Karla Malija (Malý) (1874.–1951.). Vremenom je mijenjao svoju fizionomiju, ali mu je koncepcija, uz manje izmjene, i do danas ostala onakva kakva je bila na početku.
Pleistocenski i subfosilni vertebrati Bosne i Hercegovine
Izložba prikazuje fosilne ostatke sisara, pretežno gornjopleistocenske starosti sa područja Bosne i Hercegovine, sigaste tvorevine bosanskohercegovačkih pećina, te subfosilne i kosti današnjih sisara nađenih u pećinama Hercegovine.
U izloženoj zbirci stijena, posjetitelji mogu vidjeti sve tri glavne vrste stijena koje grade Zemljinu koru: magmatske, sedimentne i metamorfne. Iz grupe magmatskih stijena izloženi su: granit, sijenit, diorit, gabro, andezit, melafir, trahit i dr.
